水利水电工程的建设和运行会使江河的生态系统趋于崩溃，在改变了上游与下游的水文环境和水动力条件的基础上破坏了重要水生的适宜性和连通性。从水利水电工程影响水生生物的机理来看，可以设置以下调控方法：过鱼设施。过鱼设施主要是解决水生生物洄游路线被阻隔的问题，可以在工程中增设鱼道、升鱼机等自然的过鱼设施，以帮助鱼类及其他生物按照原始洄游路线通过设施进行产卵并繁衍。相关实践表明，通过过鱼设备帮助鱼类恢复其洄游的路线可以对鱼类的繁衍起到积极的促进作用，但过鱼的效果受限制的因素比较多，例如鱼类的洄游习惯、游泳能力等，所以过鱼设施目前比较适合中低水头的水利水电工程设置；增殖放流。增殖放流主要是采用人工的放流、移植的方式在水利水电工程水体内投放鱼苗等水生生物，增殖放流是目前应用比较广泛的保护水生生物繁衍的有效方法。例如在葛洲坝水利修建后就是利用成熟的人工繁殖中华鲟的方法来进行增殖放流，使中华鲟得到很好的繁衍；生态修复。在水利水电工程修建时会存在普遍的影响水生生物栖息地的现象，主要是高强度的人们活动使水生生物的生活受到严重影响。可以通过生态修复的方法来减少或停止人为对江河流域的干扰，帮助江河水资源进行自我调节和自我恢复；生态调度。水利水电工程同时兼有生态环境和生态环境调控效能，水电工程的生态调度主要是将生态因素纳入到日常水库的调度中，通过优化现行调度减轻水利工程建设过程和运营时对水生生物的影响，以最大限度的满足水生生物的生存和繁衍。总之，过鱼设施和增殖放流手段都可以有效解决生物资源保护问题，但是生态环境的修复是需要一定周期，需要长期进行。水利水电工程在建设时通过优化水文环境和水动力条件可以满足水生生物的繁殖需求，具有可操作性。但我国目前的水利水电工程主要以防洪、发电为主要功能，对工程周围的生态环境研究还处于初始阶段，保护水生生物的繁衍是一个难点。需要在了解水生生物繁衍需求的基础上对水文、水动力和水生态等进行优化，以促进水生生物的可持续繁衍。