1、物理阻隔

江河不但是生态系统可持续发展的纽带，在水生生物的营养输送、生物多样性繁衍和生物迁徙等方面起着不可替代的作用。当进行水利水电工程建设时，工程施工会阻断江河的上下游物质交换，使江河的连通性降低，会对水生生物产生不利影响。在长期自然演变过程中，一些水生生物形成在不同水域进行迁徙的习惯，但水利水电工程的建设阻断了其洄游的线路，阻断了不同生物的遗传交流，使群体丧失多样性遗传，降低了适应能力。

2、水文水质胁迫

江河在发展过程中受气候变化和地形影响形成自身可持续发展的水文环境和特征，这些环境对水生生物的多样性繁衍起到促进作用。水生生物在长期繁衍过程中对水文水质等都养成需求的习惯，当水利水电工程建设改变了江河的天然的径流时，江河上游和下游的径流在时间和空间分布、水温结构、水沙情况等都将发生变化，会对水生生物的繁衍和丰度产生不利的影响。水利水电工程建设过程中蓄水库的建设使江河水位升高、水体流速降低、泥沙沉降严重、水温产生分层、涨潮反季节等现象出现。水库使江河水流速度降低在一定程度上适合生物多样性繁衍和产量增加，但蓄水库对生态的快速变化使水生生物面临灭绝的危险，不利于水生生物的多样性繁衍。